Protozoários flagelados: possuem um ou mais flagelos, empregados na locomoção e também na captura de alimentos. A reprodução dos flagelados é por divisão binária longitudinal. Os flagelados podem ter vida livre, ocorrendo em ambiente aquático.

( TRICHONYMPHA)

Protozoários ciliados: são dotados de cílios, estruturas utilizadas na locomoção. Ocorrem na água doce, no mar e em ambientes terrestres úmidos. Um exemplo de ciliado e o paramécio, protozoário de vida livre, muito comum em lagoas, tanques e poças de água doce e que tem hábito filtrador. Neste protozoário a ingestão de alimentos ocorre através do citostoma, que tem localização constante na célula. No citoplasma do paramécio existem, além das organelas responsáveis pelas funções vitais, os vacúolos contráteis, cuja função e a regulação osmótica da célula. Outra característica dos ciliados é a presença de dois tipos distintos de núcleos: o macronúcleo (grande, regula as atividades do metabolismo celular e participa da reprodução assexuada) e o micronúcleo (pequeno, participa dos processos de reprodução, tanto sexuada como assexuada). A reprodução assexuada ocorre por divisão binária, e a sexuada, por conjugação.

Protozoários esporozoários: são caracterizados pela ausência de estruturas empregadas na locomoção. Eles obtêm os seus alimentos por absorção direto dos nutrientes dos organismos que parasitam. Tem a reprodução típica do grupo: a esporogônia. Este tipo de reprodução ocorre após a formação do zigoto. Este sofre geralmente um encistamento e uma divisão meiótica, dando origem a quatro esporozoitos haplóides. Essas células multiplicam-se por mitoses sucessivas, dando origem a muitos outros esporozoitos, que são eliminados do cisto.